- Guía de Práctica Clínica Para la tamización, diagnóstico y tratamiento de personas con infección por el virus de la hepatitis C. (Segunda edición)
- Guía de Práctica Clínica para el abordaje sindrómico del diagnóstico y tratamiento de los pacientes con infecciones de transmisión sexual y otras infecciones del tracto genital Para uso de profesionales de salud. 2013 - Guía No. 16.
- Guía de Práctica Clínica (GPC) basada en la evidencia científica para la atención de la infección por VIH en niñas y niños menores de 13 años de edad completa.
- Guía de Práctica Clínica (GPC) basada en la evidencia científica para la atención de la infección por VIH en niñas y niños menores de 13 años de edad (versión corta).
- Guía de práctica clínica (GPC) basada en la evidencia científica para la atención dela infección por VIH/Sida en adolescentes (con 13 años o más de edad) y adultos completa.
- Guía de práctica clínica (GPC) basada en la evidencia científica para la atención dela infección por VIH/Sida en adolescentes (con 13 años o más de edad) y adultos (versión corta).
- Guía de atención integral para la prevención, detección temprana y tratamiento de las complicaciones del embarazo, parto y puerperio: sección toxoplasmosis en el embarazo.
- Guías para la inmunización del adolescente y adulto en Colombia. Documento de actualización, 2016.
- Guía de práctica clínica (GPC) basada en la evidencia para la atención integral de la sífilis gestacional y congénita (Completa).
- Guía de práctica clínica (GPC) basada en la evidencia para la atención integral de la sífilis gestacional y congénita (versión corta).
- Guía de Atención Clínica Integral del paciente con Dengue.
- Guia de Atencion Clinica de Malaria 2010.
- Guía 21 Guía de atención de la leishmaniasis.
- Guía de Atención Clínica de Malaria.
- Guía 23 Guía de atención de la enfermedad de Chagas.
- 2013 IDSA Clinical Practice Guideline for Vaccination of the Immunocompromised Host.
- Guía de práctica clínica (GPC) basada en la evidencia para la atención integral de la sífilis gestacional y congénita. (Completa) 2014.
- Guía de práctica clínica (GPC) basada en la evidencia para la atención integral de la sífilis gestacional y congénita. (versión corta) 2014.
- Global guidelines for the prevention of surgical site infection.
- Decontamination and Reprocessing of Medical Devices for Health Care Facilities.
- Guía para la implementación de un programa de optimización de antimicrobianos (PROA) a nivel hospitalario.